多数情况下，翅片式冷凝器都是用以碳钢、不锈钢和铜为主的材料制作而成的，但这么做确实忽视了防腐性的要求。所以冷凝器在运作的过程，管板与列管的焊缝经常出现腐蚀泄漏。尤其是当管板部分与工业冷却水接触的时候，工业冷却水中的杂质、盐类、气体、微生物都会构成对冷凝器的焊缝造成腐蚀。

当然，金属结构的复杂程度也会影响腐蚀形态，目前来说，冷凝器还是以孔蚀和缝隙腐蚀为主。从外观看，这种腐蚀问题会导致管板表面会有许多腐蚀产物和积沉物生成，并分布着大小不等。为了避免类似现象的出现，一定要做好防腐措施。
针对翅片式冷凝器防腐问题，许多企业都是采用高分子复合材料的方法进行保护，因为这种新型的材料具有优异的粘着性能及抗温、抗化学腐蚀性能，在封闭的环境里可以安全使用而不会收缩，相当于是翅片式冷凝器的一个保护屏障。